我们常把癌症治疗比作一场战争。当放化疗的硝烟散去，肿瘤被缩减、被抑制甚至被清除，我们往往会庆祝这场“胜利”。然而，在这场焦土政策般的战役中，那些无辜的旁观者——我们身体里看似健康的“正常组织”，究竟付出了怎样的代价？它们是否安然无恙？还是早已伤痕累累，甚至在沉默中酝酿着下一场风暴？

长期以来，这一直是一个医学界悬而未决的谜题。直到最近，12月10日《Nature》的研究报道“Somatic evolution following cancer treatment in normal tissue”，为我们揭开了这个微观世界的惊人真相。研究人员利用PEACE尸检研究项目，通过超高深度的测序技术，绘制了一幅前所未有的“战后”人体基因图谱。

深海探针：捕捉十万分之一的“低语”

在深入数据之前，我们需要先来看看这项研究的技术壁垒。过去，我们要想在正常组织中寻找突变，就像在喧闹的体育场里试图听清一个人的耳语。因为正常组织不像肿瘤那样是由一个突变细胞无限克隆扩增而来的，正常组织中的体细胞突变往往是以极低的频率散落在不同的细胞中。常规的基因组测序技术，其错误率往往高于这些稀有突变的发生率，导致我们无法区分哪些是真实的生物学突变，哪些是机器的测序噪音。

为了突破这一极限，研究人员采用了一种名为 双链测序（Duplex Sequencing）的巧妙技术。这项技术的核心在于“纠错”。它不仅仅是读取DNA序列，而是给每一个DNA分子的正反两条链都加上独特的分子标签（Unique Molecular Identifiers）。只有当正义链和反义链的测序结果完全一致时，突变才被认定为真实存在。

关键数据：极致的测序深度

在本研究中，研究人员将测序深度推向了极致——每个样本的平均覆盖度超过了 30,000×。这意味着基因组上的每一个位点，都被反复读取了三万次以上。正是这种近乎偏执的深度，让他们得以捕捉到那些变异等位基因频率（VAFs）低至0.0000323（中位数）的微痕。

研究人员从22位转移性癌症患者身上采集了168个非癌变的新鲜冷冻组织样本，涵盖了肝脏、肾脏、心脏、肺、脾脏、脑、垂体等16种器官。这些患者生前接受了复杂的治疗，包括化疗、放疗、免疫治疗和靶向治疗。这不仅是一次测序，更是一次对人体细胞历史的考古挖掘。

组织的“年轮”与生活的“刻痕”

在探讨治疗的影响之前，我们首先要面对一个事实：即便没有癌症治疗，我们的细胞也在不断地积累突变。研究数据显示，在所有样本中，一种名为 SBS5的突变特征（Mutational Signature）占据了主导地位，平均贡献了每个样本约40%的突变。SBS5在科学界被称为“时钟样特征”，它像树木的年轮一样，随着年龄的增长而在我们的基因组中稳步积累。

然而，这面时钟在不同器官中的走字速度是截然不同的。研究人员通过量化发现，肺组织是突变积累的“急先锋”。在肺部，每个细胞每年大约会获得43个由SBS5引起的突变。相比之下，血液和脑组织则显得“从容”许多，分别约为24个和21个。这暗示了不同组织微环境下的细胞周转率和DNA修复能力的内生差异。

除了岁月的痕迹，生活方式也在我们的基因组上刻下了深深的烙印。吸烟的危害众所周知，但这项研究用精确的数字量化了这种代价。研究识别出了与吸烟直接相关的突变特征 SBS4。

数据告诉我们，在肺部，每增加一个“包年”（每天吸一包烟持续一年），每个肺细胞的基因组中就会增加约20个突变。

更令人深思的是，吸烟的“长臂管辖”远不止于肺。在心脏和肝脏组织中，吸烟同样留下了不可磨灭的印记，每增加一个包年，这些器官的细胞大约会积累5个突变。即使是对于那些已经戒烟的“前吸烟者”，虽然突变积累的速度可能减缓，但那些已经刻写在DNA上的突变储备（Reservoir）依然存在，且其数量与吸烟总量呈现显著的正相关。这意味着，组织学上看起来完全正常的细胞，其实早已伤痕累累。

在肝脏中，研究人员还鉴定出了一种与酒精摄入高度相关的突变特征 SBS-B。这种特征在16个肝脏样本中的15个里被检测到，且在某些样本中，它贡献了高达38%的突变负荷。统计分析表明，SBS-B的突变负荷与患者自我报告的酒精单位摄入量显著相关。这再次提醒我们，每一次推杯换盏，都是肝脏细胞DNA上的一次劫难。

铂类化疗：时间的加速器

如果说衰老是涓涓细流，那么癌症治疗——特别是化疗，则是一场突如其来的暴雨。本研究最引人注意的发现之一，是量化了含铂类化疗药物（如顺铂、卡铂）对正常组织的诱变效应。铂类药物通过与DNA结合形成加合物，导致DNA交联，从而杀死癌细胞，但同时也对正常细胞造成了巨大的“附带损伤”。

研究人员清晰地识别出了与铂类治疗相关的突变特征 SBS31和SBS35。数据呈现出一种令人不安的线性关系：治疗周期越长，突变负荷越高。

但这种影响在不同组织中极不均匀。血液系统成为了化疗诱变的“重灾区”。数据显示，每一个周期的铂类化疗，会导致每个血液细胞增加约89个突变。为了让你对这个数字有更直观的感受，我们可以将其换算成“衰老时间”。

在血液中，仅仅 6个周期 的铂类化疗

（许多癌症的标准疗程）

其造成的突变积累量相当于人体自然衰老 27年。

想象一下，一个接受治疗的年轻患者，其造血干细胞的基因组年龄在短短几个月内就“老”了近30岁。相比之下，肺部对铂类化疗的敏感度稍低，同样6个周期的化疗在肺细胞中产生的突变量大约相当于5年的自然衰老。而在脑和肾上腺组织中，这一数字更低，每周期少于27个突变。

研究还通过具体案例展示了这种“突变爆发”的剧烈程度。在患者CRUKP0031的血液样本中，研究人员估算出，该患者在51年的人生中积累了1082个与年龄相关的突变；然而，在短短的治疗期间，铂类化疗就引入了1420个突变。这是一种“标点符号式”的进化爆发（Punctuated Burst of Mutagenesis）。治疗在极短的时间内彻底重塑了正常组织的基因组景观。

替莫唑胺与放疗：独特的分子伤疤

除了铂类药物，研究还揭示了其他治疗手段的独特指纹。对于接受替莫唑胺（Temozolomide）治疗的胶质母细胞瘤和黑色素瘤患者，研究人员在他们的正常组织中发现了一种特征性的突变模式——SBS-F。这种特征与DNA错配修复机制下的损伤修复有关。

令人惊讶的是，这种药物的影响范围极广。在脾脏、垂体和心脏组织中，替莫唑胺相关的突变负荷最高，其中位数贡献了高达20%的突变，部分样本甚至达到43%。这表明，这种口服化疗药物能够穿透血脑屏障，同时也对全身多个器官系统产生了深远的诱变影响。

对于放疗，研究人员则观察到了一种特定的插入/缺失（Indel）突变特征——ID-E。在接受过放疗的患者的脑、垂体和肺组织中，这一特征显著富集。虽然每个细胞每兆碱基平均只有0.04个这样的突变，但它们如同一个个微小的弹坑，忠实地记录了高能射线穿过组织的路径。

更有趣的是，在一个接受了低甲基化药物（Guadecitabine）治疗的患者血液样本中，研究人员发现了一种全新的、此前在COSMIC数据库中未被描述的突变特征 SBS-J，主要表现为C>G的颠换。这一发现提示我们，许多新型抗癌疗法的潜在基因组毒性，可能正隐藏在我们的盲区之中。

进化的力量：选择的压力

突变只是故事的一半。进化的另一半核心在于 自然选择（Natural Selection）。当治疗引入了成千上万个新突变后，哪些突变会被保留下来？哪些突变会赋予细胞生存优势，从而导致克隆性扩增（Clonal Expansion）？这才是决定正常组织未来命运的关键。

为了回答这个问题，研究人员引入了 dN/dS 比值分析。研究发现，TP53基因是这场进化游戏中的绝对主角。在156个样本中，有34个样本（21%）表现出了TP53突变的显著过剩。这并不意外，作为“基因组的守护者”，TP53的失活往往能赋予细胞逃避凋亡、持续增殖的能力，使其在充满压力的化疗环境中脱颖而出。

但选择的压力具有极强的 组织特异性。

肺：表现出对PTEN和PIK3CA突变的正向选择。

肝：倾向于选择NF2L2突变。这可能与肝脏作为解毒器官，长期暴露于氧化应激（如酒精代谢产物）有关。

脾：这是一个令人意外的发现。脾脏组织表现出对NOTCH2无义突变和BRAF错义突变的强烈富集。特别是BRAF，其突变并非经典的致癌位点V600E，而是集中在p.591和p.594等位点。

相比之下，脑和心脏组织则显得十分“保守”，几乎没有表现出明显的正向选择信号。这可能与这些组织中细胞的分裂能力有限有关，进化的车轮在这里转动得异常缓慢。

免疫治疗：无声的雕刻师

近年来，免疫检查点抑制剂（如抗PD-1、抗CTLA-4疗法）彻底改变了癌症治疗的格局。通常认为，免疫治疗不像化疗那样直接损伤DNA，因此应该是“安全”的。然而，本研究给出了一个发人深省的结论：非诱变性治疗同样能强力地重塑体细胞演化。

研究人员发现，虽然免疫治疗并没有增加总体的突变负荷（没有引入新的诱变特征），但它却显著改变了驱动基因的选择压力。数据分析显示，接受免疫治疗的患者，其正常组织中 PPM1D和TP53的驱动突变频率显著增加。特别是PPM1D，这个基因在克隆性造血（Clonal Hematopoiesis）中扮演着重要角色。它的突变能够抑制p53通路，从而帮助细胞在炎症或免疫攻击的压力下存活。

此外，研究还观察到免疫治疗背景下 B2M基因突变的富集。B2M是MHC-I类分子的关键组分，其失活会导致细胞表面不再呈递抗原，从而让细胞“隐身”，躲过T细胞的杀伤。这揭示了一个深刻的道理：免疫治疗创造了一个特殊的微环境，通过“环境筛选”而非“制造突变”的方式，同样是体细胞演化的强大推手。

治疗与进化的纠缠：因果的溯源

这一研究最巧妙之处，在于它尝试将“突变源头”与“驱动事件”直接挂钩。研究人员使用了一种概率方法，去追问：那些在关键致癌基因（如 TP53）上发生的驱动突变，究竟是谁的“杰作”？

结果令人震惊。在暴露于铂类化疗的患者血液样本中，约 20%（234个中的46个）的TP53驱动突变，可以直接归因于铂类药物引起的突变特征（SBS31）。在肺组织中，这一比例更是高达26%。这意味着，化疗药物不仅制造了随机的突变背景，它们还直接制造了那些可能导致细胞恶变的“子弹”。类似的情况也发生在替莫唑胺治疗中，血液样本中高达45%的TP53驱动突变可以追溯到该药物的诱变特征。

这就引出了一个关于 “诱变剂”和“选择压力”的复杂辩证关系。治疗不仅提供了变异的原材料（诱变），同时也构建了筛选的筛子（选择）。有时两者由同一种治疗介导，有时则分道扬镳。研究还发现，虽然治疗引入了大量突变，但并不是所有诱导出的突变都受到了正向选择，大部分治疗留下的伤痕只是“乘客突变”，它们静静地躺在基因组中，记录着历史，却不改写未来。

我们该如何面对“幸存”？

这项发表于《自然》的研究，用前所未有的分辨率，向我们展示了一幅人体内部的“战后景观”。

第一，正常组织不再“正常”。对于一位接受过繁重化疗的癌症幸存者来说，他/她体内的正常组织，在遗传学层面上，可能已经是一个由成千上万个微小克隆组成的“马赛克”拼图。肝脏中可能布满了酒精和化疗的双重印记，血液中流淌着相当于老了几十岁的细胞，而肺部则记录着每一口烟的代价。

第二，治疗的长期风险需要被重新审视。特别是对于年轻的癌症患者（如睾丸癌、淋巴瘤患者），铂类化疗是治愈的希望，但本研究量化了其高达数倍于自然衰老的诱变效应。这种剂量依赖性的损伤积累，解释了为何高剂量化疗与继发性实体瘤（如肺癌）风险增加相关。这提示临床医生在制定治疗方案时，需要在“治愈当前癌症”和“保护长期基因组完整性”之间寻找更精细的平衡。

第三，生活方式的叠加效应。研究数据清晰地表明，外源性因素（如吸烟、饮酒）贡献了正常组织中高达25%的突变。更重要的是，这些因素与治疗引起的突变是叠加的。一个长期吸烟的肺癌患者，其正常肺组织不仅承受着烟草的轰炸，还要承受化疗的洗礼。这种双重打击可能会让组织功能更快衰竭，或者更容易孕育出新的恶性克隆。

第四，免疫治疗并非无痕。虽然免疫治疗被视为“生物治疗”，但它对PPM1D和TP53等基因的选择压力不容忽视。这可能会导致克隆性造血的加剧，进而增加心血管疾病或血液系统恶性肿瘤的风险。这一发现为免疫治疗的长期安全性监测指明了新的方向。

结语

我们的身体是一本活着的历史书。每一次呼吸、每一杯酒、每一剂化疗药物，都在细胞核深处的DNA双螺旋上刻下了属于它们的文字。这项由PEACE项目带来的研究，提示我们，癌症治疗的结束，并不是生物学演化的终点。

在那些看似平静的正常组织中，一场关于生存、突变和选择的演化大戏仍在继续。对于研究人员而言，需要开发更具特异性的药物，以减少对正常细胞的“附带损伤”；对于临床医生而言，这意味着在治疗决策中需要纳入对“基因组疤痕”的考量；而对于每一个普通人，这更是一次深刻的提醒——善待你的身体，因为你的每一次选择，细胞都会记得。

参考文献

Pich O, Ward S, Rowan A, Naceur-Lombardelli C, Shutkever O, Martinez-Ruiz C, Harries S, Hessey S, Naidu B, Brenton JD, Le Quesne J, Thomas A, Richards C, Krebs MG, Turajlic S, Jogai S, Zaccaria S, Moore D, Hiley CT; PEACE Consortium; Swanton C, Jamal-Hanjani M, McGranahan N. Somatic evolution following cancer treatment in normal tissue. Nature. 2025 Dec 10. doi: 10.1038/s41586-025-09792-4. Epub ahead of print. PMID: 41372419.